こんにちは。nogajunです。

それは大変そうですね。JOSMを使うと少し楽できる方法があるので書きます。

Wayからエリアをを引き離すときは、「ウェイを引き離す」を使うとよいです。

方法は、くっついているエリアを選択して「G」キーを押す、もしくはメニューのツール→ウェイを選択するだけです。エリアが選択できない時は、フィルターを使ってhighwayを非表示にするとエリアだけ選択できます。

引き離したエリアを合わせる時は、「ウェイ精度改善ツール」を使うとエリアを沿わせやすいと思います。

逆にWay同士をくっつけたい場合は、ContourMergeプラグインを使うと、長いウェイでも簡単にくっつけることができます。