Ну не знаю, имею сотню заметок за месяц

Сотню я могу за пару часов часов собрать.

Нельзя ли тогда в приложении сделать проверку на наличие организации с таким же названием рядом.

Теоретически можно. Maps.me и так скачивает текущие данные рядом с добавляемой точкой. Совсем запрещать одинаковые названия рядом нельзя, потому что так иногда бывает на самом деле, но можно было бы показывать предупреждение. Но пока что разработчики maps.me считают, видимо, что и так сойдёт, и не мешают даже добавлять два экземпляра одного и того же в одном пакете.

Частично проблема решается нажатием на здание и отображением уже имеющихся в здании организаций.

Но ещё надо, чтобы пользователи до этого догадались. И всех организаций может быть всё равно много.

Самое простое, что разработчики могли бы сделать - разрешить увеличение побольше, как в OsmAnd.

В малонаселенных областях правки Maps.Me - единственный способ для пользователей увидеть на карте то, что их интересует, чего им не хватает, чем они хотят поделиться с окружающими: номер своего дома, магазин, кемпинг, придорожную закусочную, новый мотель, который даже на спутнике не виден и т.д.

Тут всё будет хорошо, пока им надо отмечать то, что никак не отмечено. А когда им надо будет отметить один магазин вместо закрывшегося другого? Получится, возможно, то же, что и в густонаселённых, только позже, хотя вероятность дублей будет ниже, а конфликтующих тегов - выше.